Sebbene il nome suggerisca una storia molto più antica, la forma moderna dell'Hoffenheim fu fondata nel 1945, dopo la fine della Seconda Guerra Mondiale. La squadra è stata formata dalla fusione della squadra di calcio Fußballverein Hoffenheim e del club di ginnastica Turnverein Hoffenheim. All'inizio degli anni '90 la squadra era solo una squadra amatoriale che gareggiava nell'ottava divisione della A-Liga del Baden-Württemberg. Tuttavia, la squadra ha goduto di diverse promozioni e ha gareggiato nella Verbandsliga Nordbaden nel 96.
Molti tifosi ed esperti concordano sul fatto che il sostegno finanziario di Dietmar Hopp, imprenditore di software ed ex giocatore, si è rivelato il cambiamento di cui la squadra aveva bisogno . Anche se avrebbero giocato in Bundesliga solo nella stagione 2008-2009, la progressione è stata rapida come previsto. Durante la stagione 16-17, la squadra ha ottenuto il suo miglior piazzamento finale al 4 ° posto. Un altro risultato degno di nota della squadra è la vittoria della Coppa del Nord Baden nel 02, 03, 04 e 05.